Lembaga yang bertanggung jawab atas terjadinya tumpang tindih sertifikat adalah kantor pertanahan (BPN). Secara prosedural BPN berkewajiban untuk melakukan penelitian ketika diketahui terdapat masalah / tumpang tindih dalam penerbitan sertifikat. Beberapa hal yang diteliti oleh BPN diantaranya data fisik dan data yuridis yang dalam pelaksanaannya dilakukan oleh suatu panitia yang dibentuk BPN. Setelah semua penelitian dilakukan, BPN berkewajiban membatalkan salah satunya dan mengumumkannya kepada publik.